Papoea heeft lange tijd weinig te verduren gehad van de verschillende Europese machten die naar winstgevende activiteiten in de archipel zochten. Pas aan het einde van de negentiende eeuw begonnen de Nederlanders controle in het gebied uit te oefenen. Vele lokale volkeren zouden echter nog tot ver in de twintigste eeuw ongemoeid worden gelaten.
Prekoloniaal
De geschiedenis van Papoea is zeer jong. Er zijn een aantal oude geschriften gevonden waarin Papoea werd geclaimd als onderdeel van het grote rijk van Majapahit in de veertiende eeuw.
Vanaf het begin van de zestiende eeuw was Papoea al ontdekt door de Europeanen. Ze waren op zoek naar de specerijen, er waren er echter weinigen die ook daadwerkelijk de moeite namen om het eiland te verkennen.
Na 1800 krijgt het eiland meer aandacht van de Europeanen. Een Portugese specerijenhandelaar, Don Jorge de Meness, zou het eiland hebben ontdekt vlak na 1800. Hij zou het ook de naam Papoea hebben gegeven
Papoea is het Maleise woord voor een mensen met kroes haar. Een andere handelaar uit Spanje, Alvaro de Saavedra, die na Meness het eiland bezocht, noemde het eiland Isla del Oro, het Gouden Eiland.
De natuurlijke rijkdommen van het eiland zouden uiteindelijk echter de Nederlanders naar het gebied trekken. De Nederlanders hadden de soevereiniteit van de sultan van Tidore over Nieuw-Guinea al in 1660 erkend. En aangezien Tidor onder Nederlands bestuur viel, was Nieuw-Guinea theoretisch in Nederlandse handen.
De Britten waren ook geinteresseerd in het eiland en hadden tevergeefs geprobeerd een nederzetting te vestigen in de buurt van Manokwari in 1793.
Koloniaal
De Nederlanders claimden soevereiniteit over het westen van Nieuw-Guinea in 1824. Nadat ze een verdrag met de Engelsen hadden gesloten werd het westelijk deel van Nieuw-Guinea officieel in 1848 geannexeerd. Het zou echter nog tot 1896 duren voordat de Nederlanders een permanente basis op het eiland hadden.
Vanaf toen begonnen de Nederlanders met serieuze expedities in het binnenland. De expeditie van het binnenland van Papoea was voor de Nederlanders echter geen belangrijk agendapunt. Zo zou het nog tot 1938 duren voordat de grote Baliemvallei met haar 50.000 inwoners werd ontdekt.
In de eerste helft van de twintigste eeuw worden op Java en Sumatra verschillende initiatieven opgezet door Indonesische jongeren om de onafhankelijkheid te bereiken. De Nederlanders gingen deze initiatieven tegen door de leiders te verbannen naar Merauke op Papoea.
Sukarno, Muhammad Hatta en Sutan Syahrir hebben allen tijd op Merauke doorgebracht.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog komt Papoea in Japanse handen. Na de oorlog komt het eiland in 1945 weer in Nederlandse handen. In 1962 zou Nederland Papoea pas vrijgeven onder druk van het Indonesische leger. Onder sterke diplomatieke druk van de Verenigde Naties.
Postkoloniaal
In 1963 werd Papoea ingelijfd bij de Indonesische Republiek. Nederland had echter het eiland aan Indonesie in 1969 overgedragen onder de voorwaarde dat de bevolking van Papoea zelf over hun toekomst mochten beslissen.
De Indonesische regering koos ervoor om in 1969 geen gebruik te maken van een referendum. Zij besloot dat via een musyawarah moest worden besloten over de toekomst van het eiland. De musyawarah hield in dat er consensus moest worden bereikt onder de speciaal door de Indonesische regering gekozen vertegenwoordigers over het wel of niet verdergaan onder de Indonesische vlag. De vertegenwoordigers kozen ervoor dat Papoea deel zou blijven uitmaken van de Indonesië.
Deze beslissing is echter door veel organisaties waaronder OPM (Operasi Papua Merdeka-Operatie Vrij Papua) nooit erkend. Zij gingen ervan uit dat in een vrij democratisch referendum voor onafhankelijkheid zou worden gekozen. Na het referendum hebben er allerlei ongeregeldheden en opstanden plaatsgevonden tegen de centrale regering.
In de zeventiger en tachtiger jaren vonden opstanden plaats in de Baliemvallei, Tembagapura en het district Paniai. In 1996 werden er een aantal mensen gedood bij ongeregeldheden in Jayapura. Een aantal buitenlanders is door het OPM ontvoerd en gegijzeld gehouden.
De druk wordt verder opgevoerd doordat, in het kader van het transmigratieprogramma, migranten uit Java, Bali en Sulawesi naar Papoea worden gestuurd om de regio sneller en makkelijker onder controle van de centrale regering te krijgen.
Na de val Suharto zetten de stamleiders en gemeenschapsleiders de Papoea Comite op om op vredige wijze de onafhankelijkheid te bereiken. In november 2001 werd de leider van het comite, Theys Eluay, gedood door troepen van een speciale eenheid.
Misstanden tegen Papoea's
Mensenrechtenorganisaties stellen al jaren dat Indonesische veiligheidstroepen de Papoea's mishandelen. In oktober 2010 verscheen een filmpje op YouTube dat hiervoor bewijs levert. In het filmpje is te zien hoe dorpelingen in Papoea fysiek worden mishandeld en gemarteld door het Indonesische leger.
Naar aanleiding van het filmpje rapporteerden diverse nieuwsstations over de misstanden tegen de bevolking van Papoea.
De Indonesische regering heeft hierop de mishandelingen erkent. Op aandringen van mensenrechtenorganisatie heeft president Susilo Barnbang Yudhoyono een onderzoek ingesteld.
