Op 16 december 1949 wordt Sukarno de eerste president van de onafhankelijke Republiek Indonesië. Aan hem de taak om van de verschillende Indonesische eilanden een eenheidsstaat te maken. In 1957 besluit Sukarno de parlementaire democratie af te schaffen en zijn concept van Geleide Democratie in te voeren wat zijn macht sterk vergroot. In zijn visie moesten de nationalisten, religieuze leiders en communisten samenwerken voor de natie. Indonesië zou steeds meer op een dictatuur lijken en zich internationaal isoleren.
Suharto
Economisch gezien lijkt Indonesië op een afgrond af te stevenen. Als in de nacht van 30 september 1965 zes generaals van de landmacht worden vermoord zijn het de communisten die als schuldigen worden beschouwd. Generaal Suharto zorgt ervoor dat de PKI wordt opgeheven en de resterende communisten worden afgeslacht. In 1967 wordt Sukarno gedwongen af te treden en volgt Suharto hem op.
In zijn Nieuwe Orde wilde Suharto de politiek en economie van Indonesië stabiliseren. Met het leger als machtsbasis rekent hij af met al zijn politieke tegenstanders. Doordat hij Indonesië weer aantrekkelijk weet te maken voor investeerders stijgt de economie gestaag. Een groot gedeelte van de steun en opbrengsten steekt Suharto echter in eigen zak. De door hem gesteunde Golkarpartij slaagt er dankzij manipulatie van Suharto steeds in de verkiezingen te winnen. De verschillen tussen arm en rijk worden echter steeds groter, en de hoge mate van corruptie wordt steeds duidelijker.
Als Indonesië door de Aziatische crisis van alle betrokken landen het zwaarst wordt getroffen volgen er massale studentenprotesten. Doordat ook het parlement geen vertrouwen meer heeft in hem treedt hij gedwongen af op 21 mei 1998. Suharto wordt opgevolgd door B.J. Habibie die als jarenlange vertrouwelinge van Suharto niet op steun hoeft te rekenen. Het onvermogen de gewelddadigheden op Oost-Timor naar behoren te beindigen betekent uiteindelijk het einde van zijn presidentsambt.
Zijn opvolger Wahid, die president wordt in 1999, bakt er niet veel meer van. De willekeur waarmee hij zijn ministers ontslaat zonder zich daarbij te verantwoorden, zijn onverschilligheid ten opzichte van binnenlandse problemen alsmede beschuldigingen van incompetentie en corruptie dragen bij aan het einde van zijn presidentiele carriere.
Megawatti Soekarnoputri Wahid
Op 23 juli 2001 volgt Megawatti Soekarnoputri Wahid op als eerste vrouwelijke president van Indonesië. Soekarnoputri krijgt aanvankelijk brede steun van het parlement. De nog steeds zwakke economie wakkert nog steeds voort en regionale afscheidingsbewegingen in Atjeh en Papua worden hardhandig aangepakt. In 2004 werd Susilo Bambang Yudhoyono de eerste rechtstreeks door het volk gekozen President van Indonesië.
Yudhoyono
De democratische partij van de Indonesische president Yudhoyono heeft in april 2009 de parlementsverkiezingen gewonnen. Met twintig procent van de stemmen wordt Yudhoyono's partij de grootste in het parlement. De president krijgt veel meer ruimte voor zijn hervormingsbeleid.
Tijdens de vorige verkiezingen in 2004 was dat nog 7 procent. Yudhoyono kon toen president worden doordat andere partijen zijn kandidatuur steunden. De meer dan 171 miljoen Indonesische stemgerechtigden kozen Yudhoyono tot president.