In 1522 bouwden de Portugezen een fort in de haven Sunda Kelapa dat lag op het gebied van het huidige Jakarta. In 1527 werd Sunda Kelapa veroverd door de islamitische generaal Falatehan van het sultanaat Demak. Sindsdien noemde hij de stad Jaya Karta wat betekent 'de stad van de overwinning'.
Ondergang V.O.C
Op 23 juni 1596 bereikten de eerste Nederlandse handelsschepen de haven van Banten. Halverwege de 17e eeuw, na de fusie van de Nederlandse handelsondernemingen in de Verenigde Oost-Indische Compagnie slaagt Nederland er in uit te groeien tot het grootste handelsland van Europa.
Door verkeerd management en corruptie gaat de V.O.C. echter ten onder in 1799. De Nederlandse regering neemt daarop de macht door het gehele machtsgebied van de V.O.C. over Java en de andere eilanden van de archipel tot haar kolonie te verklaren. Toen Nederland werd bezet door Frankrijk tijdens de oorlogen van Napoleon viel Indonesië onder het gezag van de Britse Oost-Indische Compagnie (1811-1816).
Sir Thomas Stanford Raffles werd Luitenant-Gouverneur-Generaal van Java en de andere kolonies. Het boekwerk van Raffles 'The History Of Java' zou het eerste standaardwerk worden over de geschiedenis en cultuur van het eiland. Met een lichter koloniaal beleid verwachtte Raffles de Javanen met succes te kunnen ontwikkelen.
Cultuurstelsel
Na Napoleon's nederlaag kunnen de Nederlanders in 1816 echter weer terug keren in Nederlands-Indie. Om de kolonie weer winstgevend te maken wordt het cultuurstelsel (1830-1870) ingevoerd waarbij Java werd getransformeerd tot exporteiland voor tropische landbouwproducten. De Javaanse adel zou daarbij een centrale rol spelen.
Vanaf 1908 beginnen de Indonesische nationalisten zich meer gestructureerd te organiseren. Verschillende politieke groeperingen, partijen en personen komen op. Een van de oprichters van de Partai Nasionalis Indonesia (1927), Sukarno, zou politiek steeds meer groeien wat resulteert in meerdere arrestaties en verbanningen. Tijdens de Japanse bezetting (1942-1945) in de Tweede Wereldoorlog slagen Sukarno en een andere belangrijke nationalist Hatta door samenwerking met de Japanners er in erkenning voor de roodwitte vlag en het bahasa Indonesia te krijgen.
Onafhankelijke republiek Indonesie
Als Japan is verslagen proclameren Sukarno en Hatta de onafhankelijke republiek Indonesie op 17 augustus 1945. Nederland was echter van plan de koloniale situatie te herstellen. Onderhandelingen tussen de nieuwe Indonesische regering en Nederland falen.
Na twee politionele acties in 1947 en 1948 waarbij Java en Sumatra worden aangevallen, wordt de Nederlandse bezetting onder druk van de Verenigde Naties en de Verenigde Staten opgeheven. Op 27 december 1949 droeg Nederland de soevereiniteit over aan een vrij en onafhankelijk Indonesië. De centrale regering van Indonesië zou vanuit Java het gezag blijven uitoefenen over alle delen van de archipel.
