Bali neemt een unieke plaats in in de geschiedenis van Indonesie. De bevolking van het eiland is als enige in staat geweest om niet aan de bekeringsijver van de christenen of moslims toe te geven, maar vast te blijven houden aan het hindoeisme. Uiteindelijk zou Bali uitgroeien tot het vakantie-eiland van Indonesie.
Prekoloniaal
Ondanks het gebrek aan historische artifacten uit het stenen tijdperk gaat men ervan uit dat de eerste migranten uit China zich vestigden in Bali rond 2500 voor Christus. Rond 300 voor Christus was er al sprake van een redelijk ontwikkelde cultuur op Bali. In deze periode werd ook het complexe systeem van irrigatie en rijstproductie ontwikkeld dat tot op heden nog steeds gehanteerd wordt.
De eerste hindoeistische artifacten dateren uit de eerste eeuw na Christus. Rond 500 na Christus was Bali voornamelijk boeddhistisch georienteerd. Pas in de elfde eeuw na Christus krijgt Bali te maken met de hinduistische invloeden uit Java tijdens de machtsperiode van koning Airlangga (1019-1042). Als Airlangga koning wordt benoemd hij zijn broer Anak Wungsu tot heerser over Bali.
In deze periode zou Bali allerlei culturele elementen uit Java overnemen. De hindoe-Javaanse religie werd overgenomen, maar ook de taal van het Javaanse hof, het kawi. Na de dood van Airlangga is Bali in staat om voor korte tijd onafhankelijk van Java te bestaan. In 1284 maakt de Javaanse koning Kertanagara van de Singasaridynastie daar een einde aan als hij Bali veroverd en het eiland vanaf Java bestuurt.
Als Kertanagara in 1292 wordt vermoord maakt Bali zich weer los van Java. In 1343 wordt Java echter weer veroverd door Gajah Mada, een generaal van een van de laatste Hindoe-Javaanse rijken Majapahit. Als in de zestiende eeuw de islam zich verspreidt door Sumatra en Java begint het rijk van Majapahit in te storten. Een groot deel van de Javaanse aristocratie, priesters, artiesten en kunstenaars vlucht dan naar Bali.
In 1478 vond de laatste exodus plaats naar Bali. Een tijd lang bloeide Bali op. De daaropvolgende eeuwen worden beschouwd als een gouden periode in de Balinese culturele geschiedenis. Het vorstendom Gelgel, vlakbij Klungkung, zou een belangrijk centrum worden voor de kunst.
Bali werd een belangrijke macht in de regio en breidde haar gezag uit naar buureiland Lombok en delen van Oost-Java. In 1710 werd het machtscentrum van het Gelgelvorstendom verplaatst naar Klungkung. In deze periode zou het rijk worden verdeeld in acht kleinere vorstendommen.
Koloniaal
In 1597 werd Bali al bezocht door Nederlandse zeelui. Pas in de 18e eeuw zouden de Nederlanders hun invloed weten uit te breiden in het Balinese grondgebied. Vanaf 1846 breken er verschillende oorlogen uit tussen de Nederlanders en de Balinese vorsten. Zodra in 1846 Beleleng in Nederlandse handen is begint de Nederlandse inmenging in het Balinese bestuur.
De koning was niet langer meer regionaal hoofd maar werd regent en moest zich in het vervolg verantwoorden tegenover de door de Nederlanders aangestelde Resident van Bali. Om tegemoet te komen aan de vraag naar administratief personeel opende de Nederlandse regering de eerste basisschool in Singaraja in 1875, andere onderwijsinitiatieven zouden volgen.
Toen in 1908 het vorstendom Puputan Klungkung in handen kwam van de Nederlanders viel geheel Bali onder Nederlands gezag. Voorafgaand in 1906 pleegde het vorstenhof van Badung collectief zelfmoord toen de Nederlandse overwinning onvermijdelijk leek.
De hele koninklijke familie, mannen, vrouwen en kinderen, bestormde bewapend met de kostbaarste krissen en gekleed in de voorgeschreven gewaden de Nederlandse linies die met geweervuur deze aristocratische lijn beeindigde.
Verzet van het Balinese volk zou echter niet uitblijven maar een nieuwe richting inslaan. Door de invloed van het onderwijs beginnen studenten en anderen met het oprichten van verschillende organisaties ten behoeve van het Balinese volk. Ondertussen probeerden de Nederlanders als eersten Bali te ontwikkelen als toeristische trekpleister.
In 1924 voer er wekelijks een stoomboot tussen de haven van Beleleng ten noorden van Bali en Java. In 1928 wordt het Balihotel opgezet in Denpasar en zou daarmee de eerste echte toeristenaccomodatie van het eiland worden.
Het aantal toeristen dat Bali bezocht zou jaarlijks geleidelijk toenemen van een paar honderd in de jaren twintig naar een paar duizend in de jaren dertig. Tijdens de Tweede Wereldoorlog wordt Indonesie bezet door Japan in 1942 en komt er een einde aan het toerisme. Bali zou door Japan worden bestuurd vanuit Denpasar. In 1944 kwam er in navolging van Java ook een PETA-afdeling op Bali waar jonge mensen werden getraind om verdedigers van het land te worden.
Na de proclamatie van de onafhankelijkheid op 23 augustus 1945 werd vanuit Java een zeemacht gestuurd om de Balinese strijdkrachten te versterken. Er vinden verschillende gewapende confrontaties plaats tussen de Balinese strijdkrachten en de Nederlanders die teruggekomen waren om de vooroorlogse situatie te herstellen.
In 1947 en 1948 voerden de Nederlanders twee politionele acties uit tegen de Indonesische strijdkrachten. Tijdens de tweede politionele actie die begon op 18 december 1948 werd er geprobeerd om op Bali effectief het gewapende guerillaverzet te organiseren.
Postkoloniaal
Nadat Nederland de soevereiniteit van Indonesie had erkend werd Bali in 1949 een provincie van de onafhankelijke Republiek Indonesie. Het eiland zou dienen als het favoriete rustverblijf van president Sukarno en als lokatie om staatsgasten te ontvangen. Om toeristen aan te trekken liet hij een nieuwe internationale luchthaven bouwen in Tuban. Ook liet hij het prestigieuze Grand Bali Beach Hotel bouwen door het te financieren met Japanse oorlogsfondsen.
Gaandeweg zijn ambtscarriere zou Sukarno echter steeds meer antiwesters worden en Indonesie internationaal isoleren. Als in 1965 een militaire coupe wordt gepleegd waarvan de communisten de schuld kregen heeft dat ook gevolgen voor Bali. Net als op Java vindt er op Bali een hetze plaats tegen de communisten waarbij zo'n 50.000 tot 100.000 mensen worden gedood in een tijd dat Bali een bevolking had van twee miljoen mensen.
Als Suharto in 1967 president wordt van Indonesie wordt het land weer opengesteld voor het buitenland. Bali werd daarbij weer gepresenteerd als het stokpaardje van de toeristische industrie in Indonesie. De groei van het internationale toerisme destijds zou ook zijn vruchten afwerpen in Indonesie.
Het aantal toeristen dat Bali bezocht zou van onder de 30.000 in de late jaren zestig toenemen tot ruim een miljoen in de vroege jaren negentig. Het aantal Indonesiers dat Bali bezocht zou in die jaren ook sterk toenemen.
De capaciteit van de hotels zou in dezelfde periode toenemen van 500 kamers tot ruim 25.000 kamers. Een groot deel van die kamers behoorden tot de grotere hotels rondom Nusa Dua en Sanur. Het was aanvankelijk de bedoeling om toeristen met een hoger inkomen te laten overnachten in luxehotels.
Een aanzienlijk gedeelte van de toeristen waren echter reizigers die niet veel geld wilden uitgeven en derhalve met kleinere, goedkopere accommodaties genoegen namen. Om snel hierop in te kunnen spelen kwamen er allerlei nieuwe resorts op in plaatsen als Kuta, Ubud, Lovina en Candidasa.
Terwijl de meeste grote hotels eigendom waren van buitenlandse bedrijven waren de kleinere toeristenaccommodaties en gerelateerde diensten veelal in bezit van Balinezen en gelinkt aan de lokale economie.
De vraag naar grotere hotels zou echter gaandeweg meer toenemen. De toeristische industrie in Bali zou een van de snelst groeiende sectoren van de Indonesische economie worden. Een neerwaarts effect op de agrarische sector van Bali, erosie, milieuverontreiniging en het schaarser worden van water zijn echter de nadelige effecten die deze groei met zich meebrengt.
De toerismesector zou echter in 1998 met een daling van 11,2 % te maken krijgen door de Aziatische crisis en de politieke instabiele situatie door Suharto's vertrek. Een internationale neerwaartse beweging in de toerismesector na de aanslagen in de Verenigde Staten op 11 september 2001 heeft ook nadelige gevolgen op de toerismesector in Bali.
De bomaanslag op 12 oktober 2002 in een discotheek in Kuta op Bali die 202 toeristen, merendeels Australiers en Balinezen, het leven kostte leek de genadeklap te zijn voor de toeristische industrie op Bali. De bezettingsgraad van de hotels zakte tot onder de 10% en vele Balinezen kwamen zonder inkomen te zitten. Maar de toeristische sector op Bali heeft zich in korte tijd weer helemaal hersteld.