Ooit was Kalimantan voor een groot deel onderdeel van het machtige rijk van Majapahit. Het gebied lag op een belangrijke handelsroute tussen Java, China en de Filipijnen. De Nederlanders en de Britten zouden lange tijd om Kalimantan wedijveren. Uiteindelijk zouden de Nederlanders zegevieren maar niet zonder lokaal verzet.
Prekoloniaal
Kalimantan werd voordat het gebied tot Indonesie werd gerekend Borneo genoemd. Borneo wordt al sinds 3.000 voor Christus bewoond door mensen. Rond 400 voor Christus introduceerden de eerste Indiers het hindoeisme toen ze het eiland bezochten. In de daaropvolgende eeuwen zou het koninkrijk Sriwijaya de macht hebben over het westelijk deel van Borneo.
In de veertiende eeuw kwam het grootste gedeelte van het eiland onder het bestuur van het koninkrijk van Majapahit uit Oost-Java. Kalimantan bevond zich destijds op de belangrijke handelsroutes tussen Java, China en de Filipijnen. Lang voor de komst van de eerste Europeanen waren het de Chinezen die vestigden op het eiland.
In de vijftiende eeuw wordt de islam geintroduceerd in Borneo. Een aantal kleine koninkrijken die voorheen het hindoeisme aanhingen bekeren zich tot de islam. In de zeventiende eeuw werden de meeste kustgebieden bestuurd door kleine moslimkoninkrijken.
Koloniaal
De Nederlanders en de Britten hebben van de zeventiende tot de negentiende eeuw getracht de controle te krijgen over de handel die via Borneo plaatsvond. De Britten probeerden vanuit Banjarmasin met de peperhandel hun zakken te vullen. De handel bloeide totdat de Britten een schip aan de monding van de Baritorivier stationeerden en hun warenhuizen lieten bewaken door Buginese huurlingen. In 1701 kwam de lokale bevolking vervolgens in opstand tegen de Britten. In 1707 werden de Britten verjaagd uit het gebied.
De Nederlandse en Britse belangen in Borneo zouden in de negentiende eeuw veranderen. De Britten wilden hun vaarroutes tussen China en India beschermen terwijl de Nederlanders hun controle in de Indische archipel bevestigen. De Nederlanders wilden de zuid- en westkust van het eiland onder controle hebben. Rond 1825 beginnen ze verdragen te sluiten met een aantal kleine staten aan de westkust. Delen van het sultanaat van Banjarmasin vielen in Nederlandse handen maar er werden geen bestuurscentra gevestigd.
Als in 1839 de Britse avonturier James Brooke een eigen kolonie opzet in Kuching bij Sarawak realiseren de Nederlanders dat ieder andere Europeaanse macht Borneo kon gaan bezetten. De Nederlanders slaagden erin om zich te vestigen in het zuiden en westen van Borneo. Door het sluiten van verdragen met de lokale vorsten probeerden ze andere Europeanen uit het gebied te houden.
De expansie van de Nederlanders ging niet zonder lokaal verzet, vooral rondom Banjarmasin was de onwil het grootst. In 1859 mondde het verzet uit in een oorlog die vier jaar zou duren. Ondanks de verloren oorlog zou het verzet voortduren tot 1905. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd Borneo bezet door de Japanners van 1942 tot 1945. De nakomelingen van James Brooke overhandigden Sarawak aan de Britse regering na de oorlog. De Britten namen ook het bestuur over in Sabah.
Postkoloniaal
In 1949 werd het Indonesische gedeelte van Borneo onder de naam Kalimantan toegevoegd aan het gebied van de nieuwe Indonesische republiek. In 1963 werden Sabah en Sarawak samen met Singapore toegevoegd bij de nieuwe federale staat Maleisie. President Sukarno was erg skeptisch over de Britse invloed in Maleisie en confronteerde de nieuwe federatie met militaire kracht. Pas in 1966 zou Indonesie de federatie van Maleisie erkennen.
Brunei werd pas in 1984 onafhankelijk. Kalimantan is de laatste jaren nog in het nieuws gekomen door geweldadigheden tussen de Madurese minderheid, die veelal uit Java is getransmigreerd en de Dayak, de grootste en oorspronkelijke bevolkingsgroep. In 1997 en 1999 vielen er al honderden doden bij geweldadigheden tussen deze twee bevolkingsgroepen. In 2001 vonden er weer geweldadigheden plaats waarbij honderden doden viele. De meeste doden vielen in alle gevallen aan Madurese kant.
