De Molukken was in het verleden een gewilde bestemming. Dat kwam door de kruidnagel- en nootmuskaatbomen die lange tijd alleen op deze eilanden groeiden. Verschillende Europese machten streefden naar een monopolie van de specerijenhandel en de Nederlanders zouden dat doel bereiken. Het christendom vond in deze regio veel aanhang.
Prekoloniaal
In de vroege zevende eeuw werd de Molukken al bezocht door Chinese zeelieden. Zij kwamen af op verschillende specerijen die alleen hier groeiden. In de negende eeuw kwamen Arabische handelaren naar de Molukken. Ze introduceerden tussen 1300 en 1400 de islam in het gebied.
Daarvoor behoorden de Molukken tot het koninkrijk Sriwijaya. Het Majapahitrijk streefde Sriwijaya aan het begin van de veertiende eeuw voorbij. Het rijk kreeg een belangrijk deel van Zuidoost-Azie in handen. Op die manier konden Javaanse handelaren de specerijenhandel op de Molukken monopoliseren.
Koloniaal
In 1512 waren het de Portugezen die op de Molukken arriveerden. Zij kwamen aan in Ternate wat destijds het belangrijkste eiland van de regio was. Door een verdrag met de sultan van Ternate te sluiten tegen het rivaliserende eiland Tidore hoopten zij de specerijenhandel te kunnen monopoliseren.
Het verdrag hield echter geen stand en de Portugezen worden in 1575 uit Ternate verdreven. De Portugezen vestigen zich vervolgens op Tidore maar ook daar slaagden ze er niet in een specerijenmonopolie te creeeren. Vervolgens probeerden ze hetzelfde te bereiken in Ambon, Seram en Banda, maar zonder resultaat.
De Spanjaarden, Engelsen en Nederlanders volgden met hetzelfde doel voor ogen. Het waren uiteindelijk de Nederlanders die dankzij een grotere vloot, meer wapens en meer geweld de specerijenhandel wisten te monopoliseren. Na veel bloedige veldslagen werd de lokale bevolking gedwongen samen te werken met de Nederlanders. De eerste opstand tegen de Nederlanders werd in 1817 geleid door Thomas Matulessy, beter bekend als Pattimura.
Het eiland Ambon werd het centrum van de Nederlandse specerijenemperium. Maar buiten de Molukken konden de specerijen ook verbouwd worden. De regio verliest zijn belang als centrum van de specerijenhandel.
Meer dan de helft van de bevolking van Ambon bekeerde zich tot het christendom en een maakte deel uit van het Nederlandse koloniale leger (KNIL). Tijdens de Tweede Wereldoorlog worden de Molukken bezet door Japan. Vanuit een Japanse basis op de Molukken werden Australische steden gebombardeerd. Als antwoord hierop werden, in de laatste fase van de oorlog, de eilanden Ambon en Halmahera gebombardeerd.
Postkoloniaal
Als Indonesie de onafhankelijkheid bereikt, verzet een groep Ambonezen zich als de Nederlanders eruit worden gegooid. Meer dan 2.000 Ambonezen zijn lid geweest van het KNIL, het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger. In 1950 werd op Ambon de Republik Maluku Selatan (RMS) uitgeroepen, de Republiek der Zuid-Molukken. De centrale regering bezette hierop het eiland Buru en delen van Seram. Ambon wist het gebied terug te winnen. De controle van de regio was weer in handen van Jakarta.
De meerderheid van de Ambonese strijdkrachten, zo'n 12.000 man, was toen op Java gestationeerd. Ze werden naar Nederland gestuurd. In 1963 werd leider en mede-oprichter van de RMS, mr.dr.Chr. Soumokil, gevangen genomen. Hij werd in in 1966 geexecuteerd. De gevangenneming van Soumokil had de RMS-beweging in de Molukken grotendeels lam gelegd. Mede RMS-oprichter Ir. J. Manusama richtte daarop in Nederland de RMS-regering in ballingschap op.
De dood van Soumokil was voor veel Molukse jongeren in Nederland de reden om tot radicale acties over te gaan. De harde gijzelingsacties die volgden in de jaren zeventig waren bedoeld om een serieus regeringsbeleid over de RMS-kwestie te bewerkstelligen. Dit doel werd niet behaald. De situatie op de Molukken bleef politiek onveranderd.
Na het aftreden van Suharto in mei 1998 was de harde hand van de autoriteiten verdwenen. De Molukken werden het strijdperk van gewelddadigheden tussen christenen en moslims. Er vielen duizenden doden en veel inwoners moesten het gebied ontvluchten. Het conflict verspreidde vanuit Ambon naar de Noord-Molukken.
Zowel aan de christelijke als de moslimzijde vallen veel slachtoffers. In februari 2002 wordt er een wapenstilstand getekend op Sulawesi. Nieuwe gewelddadigheden in 2004 bewijzen echter dat de rust nog niet geheel is teruggekeerd in de regio.
Het Ministerie van Buitenlandse Zaken raadt toeristen nog altijd aan voorzichtigheid in acht te nemen.
